99bt工厂地址 AI仍需勤苦！徐华强团队阐明，AlphaFold3展望GPCR
发布日期：2024-12-09 12:31 点击次数：117
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剪辑丨王多鱼
排版丨水成文
2024年5月9日，谷歌DeepMind团队在Nature期刊发表论文【1】，推出了AlphaFold2的全面升级版——AlphaFold3。
比较AlphaFold2对单个卵白质结构的精确展望，AlphaFold3大约高准确性展望卵白质与各式生物分子相互作用的结构。这一最新模子大约展望含有卵白质数据库内险些统共分子类型的复合物的结构，包括配体（小分子）、卵白质、核酸（DNA和RNA）若何勾通在通盘并相互作用，以及展望翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响，从而匡助咱们在原子水平上精确地不雅察生物分子系统的结构。
2024年11月11日，DeepMind秘书将AlphaFold3讲求开源，科学家们不错下载其底层代码，并将其哄骗于非生意限制。
2024年12月6日99bt工厂地址，中国科学院上海药物所徐华强团队（博士生何欣恒、助理推敲员李俊睿、博士生沈诗怡为共同第一作家）在期刊发表了题为：AlphaFold3 versus experimental structures: assessment of the accuracy in ligand-bound G protein-coupled receptors 的推敲论文【2】。
该推敲全面评估了AlphaFold3展望配体结合G卵白偶联受体（GPCR-配体复合物）的结构的准确性，包括举座结构的准确性、口袋展望才能、复合物展望才能和可变区展望后果，收尾表露，AlphaFold3比较AlphaFold2有所提高，但展望结构与实践笃定结构比较仍然存在好多差距。
这项推敲强调了即使在用于了AI结构展望器用的情况下，通过实践笃定结构一经必弗成少的，这项推敲也为将来在狡计模子中校阅卵白质-配体相互作用展望提供了想法。
探花在线
G卵白偶联受体（GPCR） 是伏击的药物靶点，参与许多生理进程，但由于其固有的生动性以及与不同的配体相互作用，许多结构仍未贬责。
在这项最新推敲中，许华强团队系统地评估了AlphaFold3展望的GPCR结构与通过实践笃定的结构比较的准确性，主要关切GPCR-配体结合气象。
AlphaFold3预 测结构和实践结构的举座对比
收尾表露，天然AlphaFold3在展望举座GPCR骨架结构方面比AlphaFold2线路出更好的性能，但在配体（尤其是离子、多肽和卵白质）结合方面，展望收尾与实践收尾之间仍然存在显耀各异。该推敲还评估了展望结构在各式配体类型中的准确性，量化了结合口袋几何体式和配体想法的偏差。这些发现强调了在配体结合GPCR结构的狡计展望方面存在的特等挑战。
这些局限性松手了AlphaFold3在GPCR的功能推敲和基于结构的药物联想中的哄骗，因为无论功能推敲照旧药物联想，GPCR-配体相互作用的高区别率细节至关伏击。
总的来说，该推敲为在GPCR推敲中使用AlphaFold3的推敲东谈主员提供了有价值的视力，强调了基于实践的结构笃定的必要性，并为将来在狡计模子中校阅卵白质-配体相互作用展望提供了想法。
论文连气儿：
1. https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w
2. https://www.nature.com/articles/s41401-024-01429-y99bt工厂地址